Организация доставки грузов по ней затруднена, поскольку участок находится во временной эксплуатации. Как сообщил на встрече с депутатами Якутии гендиректор ЖДЯ Василий Шимохин, сегодня очень острой проблемой является отсутствие утвержденных тарифов на участке Томмот – Нижний Бестях (Якутск). Поскольку линия не сдана в постоянную эксплуатацию, следовательно, тарифы не регулируется Федеральной антимонопольной службой. Свою деятельность на этом участке ЖДЯ осуществляет пока что на основании договоров на оказание услуг локомотивной тяги, что не противоречит действующему законодательству. Кроме того, на сегодняшний день станция Нижний Бестях не включена в Тарифное руководство №4 с присвоением ей кода единой сетевой разметки и открытия ее для выполнения грузовых и коммерческих операций. Без этого невозможно оформление единого перевозочного документа с сети железных дорог до Нижнего Бестяха.

Для региона важна организация железнодорожных перевозок на регулярной основе. Проведенный в 2016 году сравнительный анализ стоимости перевозки и переработки грузов на участке Беркакит - Томмот - Якутск показал, что доставка грузов с переработкой через станцию Нижний Бестях почти в два раза дешевле по многим номенклатурным позициям, чем перевозка автомобилями со станции Беркакит и на 30-50% дешевле, чем транспортировка по смешанной железнодорожно-автомобильной схеме.

По словам первого зампреда Госсобрания Якутии Анатолия Добрянцева, во время весенней сессии необходимо провести парламентские слушания по этому вопросу с участием заинтересованных ведомств для выработки конструктивных предложений по нормативной базе и рекомендаций для их решения.