За три года ОАО "РЖД" инвестировало в свое развитие более 470 млрд.рублей. Основными направлениями в инвестиционной политике ОАО "РЖД" являются дальнейшее развитие пропускных способностей железных дорог, повышение безопасности и качества грузовых и пассажирских перевозок. Поэтому значительная часть средств была направлена на обновление инфраструктуры ОАО "РЖД".

В частности, в период с октября 2003 по август 2006 года введены в эксплуатацию Северо-Муйский тоннель (Восточно-Сибирская железная дорога), Тарманчуканский и Лагар-Аульский тоннели (Дальневосточная железная дорога), Большой, Средний и Малый петлевые тоннели (Северо-Кавказская железная дорога), мост через реку Бузан (Приволжская железная дорога), через реки Унжа и Шексна (Северная железная дорога). Кроме того, выполнены берегоукрепительные работы, обеспечивающие безопасность движения на участке Туапсе – Адлер. Значительную реконструкцию претерпела Сахалинская железная дорога.