Предварительные расчеты двух вариантов финансового плана компании на 2010 год (с учетом госсубсидий и без госсубсидий) показали, что вариант индексации тарифов на 9,4% без государственной поддержки окажет крайне негативное влияние на результаты работы компании в 2010 году. Так, по предварительным расчетам, РЖД ожидает убыток в размере приблизительно 60-70 млрд рублей. Кроме того, может произойти значительное сокращение программ капитального ремонта по основным хозяйствам, снижение объемов закупки подвижного состава, может возникнуть необходимость высвобождения дополнительной численности сотрудников. По мнению президента компании Владимира Якунина, учитывая недостаточно высокие темпы роста объемов железнодорожных перевозок, а также в целях уменьшения доли транспортной составляющей в цене товаров, РЖД считает необходимым при утверждении индексации тарифов на 9,4% на грузовые железнодорожные перевозки предусмотреть сохранение системы субсидирования в сумме выпадающих доходов от государственного регулирования тарифов в базовом и планируемом периодах. По его мнению, компенсация выпадающих доходов должна при этом происходить в соответствующем объеме из бюджетных денег. Таким образом, в целях поддержания эффективности работы РЖД в 2010 году в федеральном бюджете необходимо предусмотреть компенсацию компании выпадающих доходов в размере не менее 55 млрд рублей на индексацию тарифов на грузовые железнодорожные перевозки.