О налоговых претензиях к РЖД стало известно из отчета Счетной палаты. Межрегиональная инспекция ФНС (МИФНС) по крупнейшим налогоплательщикам № 6 в 2006-2008 гг. трижды проверяла, как РЖД платила налоги в 2003-2007 гг., сказано в документе. В каждом случае налоговики начислили компании дополнительных налогов и штрафов: 1,9 млрд. руб. - за 2003 г., 2,4 млрд. руб. - за 2004-2005 гг. и 4,8 млрд. руб. - за 2006-2007 гг.

Часть претензий компании удалось отбить. Так, суд признал незаконным доначисление НДС на 1,1 млрд. руб. за 2003 г., а также штраф в 224,3 млн. руб. Сумму претензий за 2004-2005 гг. суд снизил на 950,5 млн. руб. Причина в том, что инспекция пропустила срок давности, отмечают аудиторы. Например, решение по проверке за 2003 г. было вынесено 7 марта 2007 г. А по Налоговому кодексу срок давности составляет три года с момента окончания налогового периода, отмечает партнер юрфирмы "Налоговая помощь" Сергей Шаповалов. Часть суммы по третьей проверке тоже была начислена после истечения сроков давности, выяснила Счетная палата. На момент проверки аудиторов (ноябрь 2009 г.) налоговая еще не вынесла официального решения о доначислении налогов за 2006-2007 гг. (есть только акт проверки). А значит, по претензиям с января по октябрь 2006 г. срок давности истек, делают вывод аудиторы. За это время налоговики насчитали РЖД 1,2 млрд руб. НДС и 239,2 млн. руб. штрафа. С учетом этого и решений судов РЖД удастся снизить претензии как минимум на 3,36 млрд руб. Но может быть и больше: компания представила возражения на 90% предъявленной налоговиками суммы за 2006-2007 гг., пишет Счетная палата. Получила ли РЖД окончательное решение налоговой об итогах последней проверки, представитель компании не сказал. За 2003-2005 гг. компания оспаривала не процессуальные нарушения, как сроки исковой давности, а решения по существу, подчеркнул он. В любом случае доначисленные суммы не являются существенными, добавляет представитель, ведь, к примеру, за 2008 г. компания заплатила примерно 200 млрд. руб. налогов. Запросы "Ведомостей" в Федеральную налоговую службу и МИФНС № 6 остались без ответа. Не ответил и автор отчета, аудитор Сергей Агапцов.