РЖД, администрации Томской области и Томска 5 октября 2007 года заключили соглашение о взаимодействии и сотрудничестве на 2008-2010 годы. В рамках нового соглашения за счет повышения эффективности работы железнодорожного транспорта РЖД обязались в течение трех лет обеспечить поступление налоговых платежей в консолидированный бюджет Томской области на сумму, превышающую 500 млн руб. Кроме того, РЖД планируют техническое перевооружение станции Томск-Грузовой, модернизацию участка Томск-Белый Яр. В рамках реализации стратегии развития железнодорожного транспорта до 2030 года стороны намерены участвовать в разработке проектной документации по строительству железнодорожного обхода Томска с развитием тупикового хозяйства в районе станции Предтеченск, строительству второго пути на участке Томск-Тайга, реконструкции линии Новосибирск-Тайга-Томск под движение скоростных поездов.