Помимо базовой индексации 3,5% по формуле "инфляция минус 0,1%" применен коэффициент для финансирования мероприятий по компенсации расходов, связанных с корректировкой налогового законодательства 1,5%, повышающий коэффициент 1,06 (6%) к тарифам на порожний пробег полувагонов, коэффициент к тарифам на перевозку экспортных грузов в размере 1,08 (8%) за исключением грузов нефтегазовой отрасли и алюминиевой промышленности. На этом фоне рост доходной ставки продолжает существенно отставать от темпов индексации, в том числе, по углю. К необходимости применения дополнительных надбавок приводит, в первую очередь, объективное занижение базовой индексации. Расчет инфляции в базовой индексации основывается на индексе потребительских цен (ИПЦ). Но на расходы РЖД влияет и индекс цен производителей промышленной продукции. Очевидно, что модель "инфляций минус 0,1" не обеспечивает ни реализацию ДПР РЖД, ни гарантии потребителям в ограничении роста тарифов.

На сегодняшний день регулирование осуществляется несистемно, поэтому необходимо прорабатывать системное применения механизмов регулирования в сфере естественных монополий (в части прямого установления тарифов) и антимонопольного регулирования (в части мониторинга монопольно высоких цен в сегментах, формально относящихся к конкурентным). Естественные монополии регулируются по результатам анализа расходов, а решения по монопольно высоким ценам в смежных сегментах если и принимаются, то на основании отдельных обращений участников рынка, по приблизительным, укрупненным методологическим критериям.

Необходим системный, упреждающий мониторинг сбалансированности функционирования рынков. Критерием баланса интересов на рынке перевозок должен быть, в том числе, непрерывный мониторинг рентабельности продаж всех участников рынка - производителей, владельцев ППЖТ, перевозчиков, операторов и портов.