После утверждения Правительством РФ 18 мая 2001 года Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте была развёрнута активная работа по её реализации на целом ряде направлений: правовом, организационном, социальном и других.

В июле 2001 года распоряжением министра путей сообщения Николая Аксененко был образован Штаб реформирования. В августе учредили специальную должность заместителя министра по реформированию, которую предложили одному из авторов программы, представителю ЗАО "АКГ "Развитие бизнес-систем" Анне Беловой. В январе 2002 года министром путей сообщения был назначен Геннадий Фадеев, а месяц спустя первым заместителем министра стал Владимир Якунин. В его обязанности, в частности, входило курирование реформы, то есть непосредственное создание ОАО "РЖД".

От государства этим процессом руководила правительственная комиссия, возглавляемая вице-премьером Виктором Христенко, при которой действовал Общественный совет во главе с академиком Александром Некипеловым. Надо признать, что созданная на первом этапе преобразований трехуровневая система государственного управления реформой (правительственная комиссия - общественный совет - штаб МПС) в целом обеспечила достаточно четкий алгоритм действий. К сожалению, в 2004 году эта модель была упразднена и в дальнейшем управление преобразованиями со стороны государства не всегда соответствовало требованиям дня.

Важнейшим вопросом первого этапа реформы была выработка и принятие новой законодательной базы, поскольку старая прямо запрещала акционирование железных дорог, а значит, и их адаптацию к рынку. Она не соответствовала общему законодательству РФ и, в частности, консервировала недостатки прежней системы (затратность и дефицитность) в то время как ее достоинства для МПС (гарантированное бюджетное финансирование) уже не могли быть реализованы. Обновленное законодательство должно было открыть железнодорожному транспорту двери к новым стимулам, правам и инструментам и освободить от несвойственной ему функции быть благотворительной организацией для целого ряда частных бизнесов.

Нужно сказать, что новые законопроекты рождались и проходили через необходимые инстанции отнюдь не без борьбы. Например, в августе 2001 года в прессе было опубликовано "Обращение 43-х" под заголовком "Остановить "реформы смерти!". Подписавшие его депутаты, ученые и писатели, в частности, предрекали:

"Реформа МПС уничтожит железнодорожное сообщение, разорвет территории, обеспечит сверхприбыльный транзит иностранцам при свертывании народнохозяйственных перевозок". Авторы не предлагали каких-либо реальных мер для привлечения в отрасль инвестиций, но рекомендовали "опереться на большинство народа, на его дееспособные, нравственные, патриотические силы".

Между тем снизу шли совсем другие сигналы. Вот что писали, например, 159 пермских железнодорожников в газете "Советская Россия" от 5 мая 2001 года: "Давайте посмотрим правде в глаза и трезво оценим обстановку. Возьмем любое депо - локомотивное, вагонное, износ 80-100%. Ремонтное оборудование установлено еще до революции. На обновление нет средств. Посмотрите на зарплату рабочих: можно ли на нее достойно существовать? Люди увольняются с железной дороги. В монтеры пути приходится принимать даже бомжей!"

Это говорило о том, что дальнейшее бездействие в вопросах экономического оздоровления железнодорожного хозяйства чревато катастрофой. Нужны были решительные меры по его реструктуризации и либерализации.

Уже к концу лета новые законопроекты были выработаны и направлены в причастные ведомства и общественные организации. Начался многотрудный процесс их согласований со множеством публичных обсуждений в различных форматах. В ходе этой работы многие пункты законопроектов буквально переписывались заново, в другие вносились многочисленные изменения. В июне 2002 года документы добрались до Государственной думы. Левые фракции выступили против их принятия, другие вносили свои изменения. Всего за время прохождения законопроектов через парламент в них было предложено 1600 поправок, из которых более 700 внесены. В декабре 2002 года пакет законопроектов был принят во втором и третьем чтении, вскоре его одобрил Совет Федерации, а в начале 2003 года подписал Президент РФ Владимир Путин.

Это были законы "О железнодорожном транспорте в РФ", "Устав железнодорожного транспорта РФ", "Об особенностях управления и распоряжения имуществом железнодорожного транспорта" и изменения в закон "О естественных монополиях". Нужно отметить, что принятые акты носили компромиссный характер и содержали существенные ограничения для железной дороги в плане развития ее хозяйственной деятельности. В частности, из оборота была изъята львиная доля имущества железной дороги, она не получила в свое распоряжение основные земли, отношения с клиентурой были излишне зарегламентированными, в то время как обязанности операторов подвижного состава остались не прописанными. Однако главное, что новые законы все-таки разблокировали ситуацию с замороженными в отрасли старыми производственными отношениями. В российском законодательстве теперь была сформирована система норм, которая прямо указывала на необходимость развития рыночных отношений на железнодорожном транспорте.

Так, в статье 1 пункте 3 закона "О железнодорожном транспорте в РФ" одним из важнейших принципов функционирования отрасли провозглашалось "развитие конкуренции и становление развитого рынка услуг". Пункт 6 при этом обеспечивал возможность гибкой политики в сфере имущественных отношений, вплоть до приватизации: "Имущество железнодорожного транспорта может находиться в государственной, муниципальной, частной и иных формах собственности". В статье 14 пункте 2 значилось: "Деятельность в сфере железнодорожных перевозок осуществляется на конкурентной основе по единым нормам и правилам, установленным в соответствии с законодательством РФ, независимо от организационно-правовой формы участника перевозочного процесса".

В закон "О естественных монополиях" вошло принципиальное дополнение о необходимости дерегулирования тарифов в сфере перевозок и других конкурентных сегментах: "В соответствии с реализуемой по решению Правительства РФ демонополизацией рынка железнодорожных перевозок осуществляется переход от регулирования деятельности субъектов естественных монополий в сфере железнодорожных перевозок к регулированию деятельности субъектов естественных монополий в сфере предоставления услуг по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования". Кроме того, в статье 4 пункте 3 значилось: "Не допускается сдерживание экономически оправданного перехода сфер естественных монополий "..." из состояния естественной монополии "..." в состояние конкурентного рынка".

То есть законодательство предполагало теперь в этой сфере наличие трех базовых институтов для нормального развития бизнеса: переход к акционерной и частной собственности, дерегулирование тарифов в определенных сегментах и формирование в них конкурентных отношений. Все это открывало перед отраслью новые возможности по использованию своих активов для более гибкого реагирования на платежеспособный спрос и притока инвестиций. Правда, это было возможно лишь в случае дальнейшего принятия необходимых подзаконных актов и наиболее целесообразной модели рынка железнодорожных услуг. Но путь к этому был открыт.

Параллельно с принятием законодательной базы шла работа по инвентаризации имущественного комплекса МПС и подготовке его передачи в акционерное общество и другие организации. В результате было решено, что в ОАО "РЖД" будет передано около тысячи предприятий, региональным властям - 678, в обновленное МПС - 295 и приватизированы - 80.

18 сентября 2003 года премьер-министр Михаил Касьянов подписал постановление правительства № 585 "О создании ОАО "Российские железные дороги". Вскоре его президентом был назначен Геннадий Фадеев, а министром путей сообщения - Вадим Морозов.

1 октября ОАО "РЖД" начало свою хозяйственную деятельность. Этот день впоследствии стал отмечаться как День рождения компании.