Потребность ОАО "Российские железные дороги" в инвестициях на 2007 год составляет 1 трлн. 72 млрд. рублей. Износ основных фондов компании возрос с 34% в 1991 году до 60% в 2005 году. Отношение годовых инвестиций к основному капиталу составляет 8,4%, что ниже на полтора раз, чем в ОАО "Газпром" и РАО "ЕЭС", вдвое ниже, чем в "Транснефти". Недоинвестирование компании в развитие производственных мощностей составляет около 30 млрд. рублей ежегодно, что может привести к еще большему износу подвижного состава, ухудшению инфраструктуры и снижению безопасности движения подвижного состава.

Среди других проблем - недостаточное развитие сети российских железных дорог. За последние 15 лет их протяженность не только не увеличилась, но сократилась на 2,5 тыс. км. Несмотря на названные проблемы, ОАО "РЖД" достигнуты лучшие за 12 лет показатели железнодорожного транспорта.