Плотность сети железных дорог в Сибири увеличится на 39%. В частности, планируется строительство ряда грузообразующих линий для освоения природных ресурсов региона: Кызыл - Курагино, Чадобец - Кода, Чара - Апсатская, а также укладка социально значимой линии Бийск - Горно-Алтайск. Также запланировано строительство обходов Читинского, Иркутского, Новосибирского железнодорожных узлов, развитие станций по Транссибу - Алтайская, Тайшет и так далее. Кроме того, в Сибири будет организовано высокоскоростное движение между городами Омск, Томск, Кемерово, Барнаул и Новокузнецк. В Дальневосточном федеральном округе предусмотрено строительство таких стратегических линий, как Томмот - Кердем - Якутск, Селихин - Сергеевка, Сукпай - Самарга, линии на Магадан и социально значимые линии Тыгда - Зея, Селихин - Ныш и Правая Лена - Якутск. Кроме того, между Уссурийском и Владивостоком будет организовано высокоскоростное движение в пригородном сообщении, а между Владивостоком и Хабаровском - в дальнем. В результате плотность железнодорожной сети на Дальнем Востоке возрастет на 84%.