Парламентарии опасаются, что из-за непросчитанности предлагаемой реформы платить за все придется конечным потребителям. Согласно предложениям правительства, ставка налога будет повышаться постепенно: в 2013 году она не будет превышать 0,4%, а через 5 лет достигнет уровня 1,9%. По расчетам Минфина, от отмены льгот регионы получат дополнительно 35,7 млрд руб. уже в следующем году. К 2019 году с учетом роста стоимости основных средств поступления вырастут до 387 млрд руб. Основная доля дохода придется на Уральский, Центральный и Северо-Западный федеральные округа. Однако, по мнению ряда экспертов, отмена льгот ухудшит финансовое положение крупнейших отечественных компаний. Например, налоговые платежи для ОАО "РЖД" возрастут с 17,2 млрд руб. в 2013 году до 50,1 млрд руб. в 2015-м.

По мнению члена Совета Федерации Игоря Шубина, транспортная инфраструктура, в частности железнодорожная, очень серьезно может пострадать с введением дополнительного налогового бремени в части своей конкурентоспособности и инвестиционной привлекательности.

Это также приведет к усилению межтерриториального перекрестного субсидирования в естественно-монопольных секторах, так как регионы с высокими ставками фактически будут субсидироваться за счет налогов с низкими ставками. По словам заместителя министра финансов Сергея Шаталова, компании для компенсации потерь будут вынуждены увеличить тарифы на свои услуги. Согласно расчетам, самый большой рост тарифов придется на транспортировку газа: с 1,5% в 2013 году до 8,2% в 2019-м. В результате дискуссии депутаты договорились принять окончательное решение после того, как Счетная палата подготовит подробное заключение с точки зрения доходов региональной части и возможного влияния поправок на тарифы монополий. Этот документ аудиторы должны представить в Госдуму до конца октября.