Использование контейнеров выгодно на маршрутах, где создана инфраструктура для их погрузки-разгрузки. Из-за этого около 50% грузопотока контейнеров обращается на 15–20 основных маршрутах. Грузопотоки крытых вагонов, которые потенциально подходят для перевозок в контейнерах, не переходят на них, так как у грузоотправителей нет необходимой инфраструктуры для разгрузки контейнеров. Наиболее популярные маршруты курсирования контейнеров: Приморье – Москва (различный импорт), Свердловская и Челябинская область – Санкт-Петербург (экспорт металлов, ферросплавов, асбеста), Иркутская область – Приморский край (экспорт алюминия, целлюлозы), Башкирия – Ленинградская область (различные химические соединения), Ханты-Мансийский АО – ЦФО (пропан-бутан), Архангельск – Санкт-Петербург (пиломатериалы, бумага, картон).