Одним из серьезных препятствий дальнейшего развития РЖД является несовершенство тарифной политики. Не получается, например, пока согласование дерегулирования тарифов в конкурентных сегментах рынка в связи с тем, что это возможно только в условиях раздельного учета доходов и расходов перевозочной деятельности компании по элементам затрат. Не хватает подвижного состава. По морским путям «уплывают» такие высокодоходные грузы, как нефть и нефтепродукты, черные металлы, сера, удобрения и химикаты, бумага, строительные материалы. Тарифы на перевозку водным и автомобильным транспортом формируются, исходя из сложившейся конъюнктуры, гибко реагируя на изменения рыночного спроса. Система государственного регулирования железнодорожных тарифов не позволяет оперативно пересматривать их в зависимости от рыночной конъюнктуры. В этой ситуации «РЖД» не может конкурировать даже с независимыми перевозчиками и операторами железнодорожного подвижного состава, которые самостоятельно устанавливают тарифы для каждого грузоотправителя и, например, в период навигации снижают их.