Тарифные аппетиты РЖД постоянно растут. В 2009 г. компания предлагает правительству повысить тариф на 17%, в 2010 г. – на 21%, а в 2011 г. – на 20%. Правительство готово увеличить тарифы на 13,5–15% в 2009 г., 9,3–13% в 2010 г. и 10–15% в 2011 г. С такой политикой столкнулись Новолипецкий меткомбинат (НЛМК) и Афипский НПЗ (входит в «Базовый элемент»). Первый подал три иска к Юго-Восточной железной дороге о возмещении 15,25 млн руб., второй — несколько исков к Северо-Кавказской железной дороге на 80 млн руб. НЛМК и Афипский НПЗ жалуются, что РЖД неправильно рассчитывает тариф на перевозку нефтепродуктов до порта Туапсе.