На третьем этапе структурной реформы обострились следующие ключевые проблемы отрасли, требующие выработки механизмов их решения до 2015 года:

- инфраструктурные ограничения экономического роста, выражающиеся в увеличении протяженности "узких" мест инфраструктуры и дефиците отдельных типов подвижного состава;

- недостаточная адаптированность действующей системы тарифообразования к текущим рыночным потребностям;

- недостаточное финансирование обновления и развития основных фондов железнодорожного транспорта;

- отставание темпов развития железнодорожного транспорта РФ по сравнению с ведущими железными дорогами мира;

- снижение конкурентоспособности железнодорожного транспорта во внутреннем сообщении по сравнению с другими видами транспорта и увеличение конкурентных угроз в международном масштабе.

Стратегической целью разработки и реализации целевой модели является создание условий для устойчивого развития железнодорожного транспорта в соответствии с потребностями экономики страны на основе роста конкурентоспособности отрасли, расширения инвестиционных механизмов и развития рынка железнодорожных транспортных услуг.

Достижение стратегической цели обеспечивается путем реализации следующих задач:

- обеспечение глобальной конкурентоспособности российской транспортной системы и железнодорожного транспорта как ее составной части;

- развитие эффективных инвестиционных механизмов в отрасли, обеспечивающих расширенное воспроизводство и снижение уровня износа основных средств, разработку и внедрение инновационных транспортных и логистических технологий, наращивание, обновление и модернизацию производственных фондов железнодорожного транспорта (вагонов, локомотивов, погрузочно-выгрузочных средств, складов и терминалов, элементов инфраструктуры), разработку и внедрение инновационных транспортных и логистических технологий;

- создание стимулов для повышения эффективности деятельности участников рынка;

- развитие рынка железнодорожных транспортных услуг на основе либерализации государственного регулирования отрасли, развития конкуренции и создания равных экономических условий с другими видами транспорта.