С 2002 года МТК «ЮниТранс» ежегодно подтверждала соответствие внедренной системы менеджмента качества международному стандарту ISO 9001 версии 2000 года. 15 ноября 2008 года Международной Организацией по Стандартизации была опубликована новая версия международного стандарта ISO 9001:2008, и в мае 2009 года очередной аудит СМК в МТК «ЮниТранс» был успешно пройден уже в соответствии с новым международным стандартом в области мультимодальных перевозок, логистических услуг по экспедированию и складской обработке грузов. Аудитор Дмитрий Полянский из BSI Management Systems, инспектировавший МТК «ЮниТранс», отметил, что год от года он замечает инновации в области применения СМК в компании, в которых прослеживается стремление к дальнейшему развитию и улучшению системы управления качеством на предприятии.