Решением Федеральной службы по тарифам отменены исключительные тарифы на перевозки по сети РЖД повагонными отправками, а также на пробег собственных (арендованных) порожних вагонов со станций Локоть, Неверовская, Масальская, Ремовская и Третьяково. По официальной версии, причина отмены понижающего коэффициента в том, что предприятия Алтайского края, обслуживаемые КТЖ, находятся в равных тарифных условиях с остальными российскими предприятиями, работу которых обеспечивает ОАО «РЖД», поэтому установление специальных тарифных условий не требуется. Отмена исключительного тарифа была также продиктована межправительственным соглашением о порядке оплаты за перевозки по участкам РЖД, проходящим через Казахстан, и частью дороги КТЖ, проходящей по территории России. В соответствии с этим соглашением транспортировки по сети РЖД с использованием участков, проходящих транзитом через территорию Казахстана, оплачиваются целиком по внутрироссийскому тарифу. Так же как и перевозки по сети КТЖ с использованием участков, проходящих транзитом через территорию России, оплачиваются как внутриказахстанские.