Традиционно по СЖД возят сырье, малопригодное для транспортировки контейнерами. Однако за последние шесть лет в связи с развитием в регионах Севера промышленных предприятий, производящих готовую продукцию, доля контейнерных перевозок в общем объеме погрузки магистрали увеличилась с 0,74% почти до 2%. К примеру, в первом полугодии 2007 года крупный деревообрабатывающий комбинат ООО «Кроносстар» отправил со станции Шарья 506 груженых контейнеров, ООО «Дмитриевский химзавод» со станции Кинешма – 113 контейнеров, ОАО «Северсталь-Метиз» со станции Череповец – 31 контейнер. До 2007 года эти перевозки осуществлялись либо автотранспортом, либо крытыми вагонами. В ближайшем будущем «Трансконтейнер» планирует увеличить долю контейнерных перевозок за счет появившихся в собственности ОАО «ТрансКонтейнер» термос-контейнеров, перевозка в которых дешевле, чем в рефрижераторных вагонах. В зоне обслуживания СЖД расположено немало крупных предприятий, производящих скоропортящуюся молочную, слабоалкогольную, кондитерскую продукцию. И переключить эти грузы с рефрижераторов на термос-контейнеры – актуальная задача.