Чистая прибыль "Трансгаранта" по РСБУ в 2006 году выросла более чем в 12 раз до 424.3 млн руб., показатель EBITDA увеличился в 1.5 раза до 1.2 млрд руб. Выручка компании снизилась на 8% до 3.8 млрд руб. Снижение общей выручки связано с изменением учетной политики компании. Трансгарант с 2006 года перестал включать в выручку совокупное вознаграждение по договорам транспортной экспедиции, а в себестоимость - выплаты тарифа в пользу РЖД. Увеличение прибыли компания объясняет эффективным управлением эксплуатационными затратами, получением отдачи от вложенных инвестиций, повышением производительности труда и рациональным использованием подвижного состава и материальных ресурсов.