Реконструкция моторвагонного депо Санкт-Петербург Балтийский началась в 2003 году и завершилась запуском в эксплуатацию современного вагономоечного комплекса в августе 2008 года. На начальном этапе реконструкции произведены работы по строительству административно-бытового корпуса, ремонтно-механических мастерских, компрессорной, котельной, очистных сооружений, наружным сетям водопровода, канализации, газоснабжения. Произведены работы в аккумуляторном отделении и центральном диспетчерском пункте. В 2007 году введен в эксплуатацию покрасочный комплекс, состоящий из двух окрасочных линий. Пропускная способность комплекса – 400 секций в год (порядка 800 вагонов), что полностью покрывает потребности ОЖД и оставляет резерв для обслуживания других филиалов. В начале 2008 года открыто новое отделение по ремонту автосцепных устройств, помещение которого находится в отдельном здании и занимает площадь 241,5 кв. м. На отделении установлено 24 единицы нового оборудования, что позволяет автоматизировать почти весь процесс. Вместо ремонта и осмотра 100 корпусов автосцепки за месяц планируется ремонтировать 200. Это дает возможность ремонтировать сцепки всех электропоездов пригородного сообщения формирования ОЖД.