Доходы компании за этот период составили 9 трлн руб. Значительная часть этих средств была направлена на развитие и обновление основных фондов ОАО "РЖД".

С 2003 года в рамках инвестиционной программы компании реализуются важнейшие проекты: по обновлению подвижного состава и вокзального комплекса, повышению безопасности движения, развитию и модернизации инфраструктуры на основных направлениях, по которым осуществляются значительные объемы перевозок массовых грузов, ориентированных на морские порты Мурманска, Балтийского моря, Дальнего Востока, Черного и Азовского морей. Важнейшим приоритетом компании является укрепление позиций на международном транспортном рынке. В полном объеме выполняются обязательства по инфраструктурным проектам за рубежом, расширяется их география. В общей сложности на выполнение инвестиционной программы было направлено 2,6 трлн руб. в ценах соответствующих лет.